Comprendre et savoir respecter les règles de la navigation s'acquièrent à travers un enseignement dispensé dans un établissement bateau école. Souvent cette option est proposée dans les auto écoles, on parle alors d'auto bateau école. Le déroulement de l'apprentissage s'effectue de la même façon que pour tout autre véhicule et présente toutefois quelques spécificités. En effet, plusieurs permis nautiques sont préparés dans un bateau-école. Le permis plaisance qui permet à tout à chacun d'accéder à la conduite d'un bateau présente 2 options et 2 extensions.
Le permis permettant la navigation en eaux intérieures (permis fluvial) offre une option qui lui permet de piloter un bateau dont la taille est inférieure à 20 mètres sur les fleuves, les rivières les canaux, lacs et étangs. Pour avoir le droit de manœuvrer un bateau plus grand, l'extension grande plaisance en eaux intérieures est prévue.
En mer, le permis plaisance présente une option côtière sans toutefois pouvoir s'éloigner à plus de 6 miles d'un abris. Une extension hauturière permet la navigation toutes distances en mer.
Le déroulement des séances d'apprentissage dans l'établissement bateau-école sont réglementées tant pour la partie théorique sanctionnée par un examen, que pour la partie pratique dont la durée depuis 2011 est passée de 3h à 3h30.